即使是有经验的医师做腹腔镜手术，也有引起囊肿破裂的危险。子宫内膜异位囊肿破裂经常发生。有证据表明良性粘液性囊肿内容物的溢出不会引起腹膜假性粘液瘤。畸胎瘤自发或医源性的破裂能诱使形成腹膜肉芽肿的化学性腹膜炎和粘连。Canis等报道129例进行腹腔镜皮样囊肿剥除的患者中，仅2例有术后化学性腹膜炎，其他进行腹腔镜皮样囊肿切除的作者也有类似报道。可以看出，如果进行彻底的冲洗，术中良性卵巢囊肿破裂引起并发症的危险较小。不过还要尽可能地避免发生囊肿破裂。
    腹腔镜手术时恶性卵巢囊肿破裂的副作用还不明确。囊肿破裂在la期(单侧卵巢，无腹水，包膜完整)或Ib期(双侧卵巢)到Ic期是不同的。一些研究表明如果立即处理，恶性卵巢囊肿的破裂不影响预后，唯一影响复发率的因素是肿瘤分级，紧密粘连和大量腹水。另有研究表明恶性囊肿术中破裂会使预后更差。当然，如果治疗延迟几周预后更差。